Les dommages du SARS-CoV-2 pour les Data Analysts

(Dernière mise à jour le 11 avril 2020)

 

En ce moment c’est la star des sujets de conversation, la préoccupation majeure des médias. Sans aucun doute, ce “coronavirus” impacte de nombreux évènements1, et bouscule l’économie mondiale2.

Les données sur le nombre de décès causés par ce virus sont disponibles et mises à jour quotidiennement sur un Github : https://github.com/CSSEGISandData/COVID-19/tree/master/csse_covid_19_data/csse_covid_19_time_series.

C’est le Johns Hopkins Coronavirus Resource Center qui met à jour les données quotidiennement.

Pour ouvrir les fichiers directement sous R :

recovered <- "https://raw.githubusercontent.com/CSSEGISandData/COVID-19/master/csse_covid_19_data/csse_covid_19_time_series/time_series_covid19_recovered_global.csv"
recovered <- read.csv(recovered)
confirmed <- "https://raw.githubusercontent.com/CSSEGISandData/COVID-19/master/csse_covid_19_data/csse_covid_19_time_series/time_series_covid19_confirmed_global.csv"
confirmed <- read.csv(confirmed)
deaths <- "https://raw.githubusercontent.com/CSSEGISandData/COVID-19/master/csse_covid_19_data/csse_covid_19_time_series/time_series_covid19_deaths_global.csv"
deaths <- read.csv(deaths)

Puis pour afficher le nombre de confirmés/rétablis/morts dans le monde jour après jour :

evolution_d <- apply(deaths[,c(5:length(deaths))],2,sum)
evolution_r <- apply(recovered[,c(5:length(recovered))],2,sum)
evolution_c <- apply(confirmed[,c(5:length(confirmed))],2,sum)
library("lubridate")
library(ggplot2)
jours <- seq(as.Date("2020-01-22"), as.Date("2020-03-05"), by = "day")
ggplot() + 
  geom_line(aes(x=jours,y=evolution_c, group=1, color = 'Confirmés'),size=1.5) +
  geom_line(aes(x=jours,y=evolution_r, group = 2, color = 'Rétablis'),size=1.5) +
  geom_line(aes(x=jours,y=evolution_d, group = 3, color = 'Décédés'),size=1.5) +
  theme(text = element_text(size=14))+
  ylab('Nombre de cas')+xlab('Date')

Bien que le nombre de cas confirmés augmente dangereusement, le nombre de personnes décédés quand à lui ne décolle pas dangereusement. Au contraire, le nombre de personnes rétablies augmente de manière quadratique !

Crédit photo article : Photo by Hello I’m Nik 🍌 on Unsplash

Sources

  1. https://www.paris.fr/pages/coronavirus-le-point-sur-les-evenements-annules-ou-reportes-7560
  2. https://www.lopinion.fr/edition/economie/coronavirus-7-mutations-l-economie-mondiale-213643

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